Wormen kunnen de conditie van een duif negatief klinische klachten veroorzaken, maar kunnen er wel voor zorgen dat de duiven geen topvorm zullen bereiken. Bij matige wormbesmettingen zullen er al meer verschijnselen optreden zoals vermagering, slecht ruien, diarree, weinig dons gooien en sneller vermoeid raken. Ook kan de vruchtbaarheid negatief beïnvloedt worden. Haarwormen zijn voor duiven schadelijker dan spoelwormen. Het is aan te raden in geval van een wormbesmetting de duiven altijd te behandelen. Daarbij wordt geadviseerd de duiven tussen de 8 dagen en drie weken na de eerste behandeling de duiven nogmaals te behandelen. Er zijn diverse wormmiddelen beschikbaar. Wormcapsules (een capsule per duif) voor individuele behandeling, Wormkuur vloeibaar (8 ml per 2 liter drinkwater) of Wormpoeder voor koppelbehandeling. Het is aan te bevelen om bij een besmetting de hokken uit te branden of met een verfstripper na te lopen nadat deze bevochtigd zijn. Dit is de enig effectieve methode om de eitjes op de hokken te doden. Na een wormkuur kan enkele dagen een vitaminepreparaat worden gegeven. Bijvoorbeeld Farvisol.
Schimmelinfecties bij duiven kunnen een belangrijke rol spelen bij het onvoldoende in vorm komen van de vliegduiven. De schimmels kunnen giftstoffen gaan produceren die belastend zijn voor het lichaam van de gastheer. Een van de symptomen kan zijn vermoeidheid. Dit is bij duiven moeilijk vast te stellen, behoudens dat de vliegprestaties tegenvallen en de duiven onvoldoende trainen. Verder vertonen duiven met Schimmelinfecties weinig symptomen. De oorzaak van de overdaad aan schimmels moet gezocht worden in het verstrekken van antibiotica. Antibiotica werken tegen bacteriën, maar niet tegen schimmels. Sterker nog door het te frequent gebruiken van antibiotica neemt de kans toe dat schimmelgroei wordt gestimuleerd. Daarom is het van belang het gebruik van antibiotica te beperken. Wordt een schimmel bij de duiven vastgesteld in de krop of in de ontlasting, dan kan behandeling noodzakelijk zijn. Helaas zijn de middelen ter bestrijding van schimmels kostbaar (o.a. Nystatine) en dienen ze langdurig gegeven te worden. Langdurig anti schimmel middelen (antimycotica) geven tijdens het vliegseizoen lukt meestal niet. Daar komt nog bij dat deze besmettingen vaak gepaard gaan met gelijktijdige andere infecties, zoals, bacteriën en virussen. Dit maakt behandeling nog moeizamer. Bony-SGR regelmatig verstrekt, kan bijdragen aan een goede darmflora, waardoor de kans op schimmelgroei op een natuurlijke manier wordt tegengegaan. Ook als Schimmelinfecties zijn vastgesteld blijkt verstrekking van Bony-SGR op termijn bij te dragen aan een herstel van de duiven.
