Een goede gezondheid van het microbioom is belangrijk in de preventie van jonge duivenziekte. Dat kan men niet bereiken door af en toe eens wat probiotica te geven. Toch helpen deze goede bacteriën zeker mee in de goede richting. De lichaamseigen goede bacteriën dienen echter ook gestimuleerd te worden. Daartoe dienen onder andere stoffen als prebiotica, de voedingsstoffen voor goede bacteriën zoals Inuline en FOS (Fructo-oligosachariden). Het verstrekken van gefermenteerde kruidendranken is ook een manier om het microbioom te ondersteunen. Kortom, er zijn een aantal makkelijk toepasbare mogelijkheden om dit doel te bereiken.